华大发布基因组数据分析云平台 被质疑抄袭七桥基因
2015年4月20日,华大基因在全球发布一款强大且具高安全性的基因组数据分析云计算平台服务产品 --BGI Online。然而在这个消息被放出后不到24h,就被尖的小伙伴们发现,其存在大面积抄袭美国波士顿七桥基因内容的现象。真相究竟如何? 
2015-4-22 12:01:10
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本文转载自生物探索




2015年4月20日,华大基因在全球发布一款强大且具高安全性的基因组数据分析云计算平台服务产品——BGI Online。

华大通过BioIT已经发布了官方消息



华大官方称:现今对海量的新一代测序数据进行分析、存储和共享已成为巨大的挑战,BGI Online为新一代测序项目的管理提供一站式解决方案,让用户可以轻松创建和运行复杂的数据分析流程。其拥有强大和可靠的基础设施和一流的安全性,可以为各种类型、大小的机构提供数据存储、自动化分析、数据传输、生物信息方法开发和共享服务,为科研数据研究提供更便利、更有效的解决方案。


凭借丰富的新一代测序数据分析经验,华大基因开发了基于“云”的解决方案,来应对海量新一代测序数据的分析、存储和共享的传统难题。BGI Online负责人李国庆表示,公司开发的这一解决方案不仅符合HIPAA法案和欧盟隐私法规等行业安全条例还一直致力于建立一个强大和可靠的基础设施,特别是针对新一代测序的大数据分析需求。


此外,该平台使用了最先进的资源管理系统,以确保资源在运行计算任务时的精确分配和实时的任务监控,并对可能遇到的错误进行及时反馈。华大基因还研发了独特的运行流程,尽最大可能地防止由于内存不足而导致的任务失败,并且在发生任务失败时自动保存节点,无需从头进行分析,从而大大节省运行的资源和时间。


此外,高速缓存的采用也大大缩短了数据分析时间,例如,生成和写入5- Gb的数据文件只需13.3秒。平台用户可以基于华大基因的开源软件开发工具,创建自己的分析工具。更重要的是,用户的分析工具可以与BGI Online平台的公共分析工具、生物信息分析工具和其他资源相融合,从而建立一整套更符合用户自身研究需求的分析流程。

有网友开玩笑说:华大产品疑存部分抄袭和侵权问题



总部位于美国波士顿的Seven Bridges Genomics公司,对于游走于生物信息学的老手而言,是一家非常值得信赖和推崇的公司,其在全球多个办公室,是目前唯一一家同时为英国国家政府和美国国家政府提供基因组软件的公司,一直以来都在支持生物信息产业的发展和开源社区的建立。其所有的分析工具都部署在云端,无缝融合了生物医学问题的构思假设,海量的数据和丰富的计算资源。 拥有全球顶尖的安全保护技术,从研究所,生物技术公司,药厂到国家政府,我们可以为各种机构提供可靠的一体化的解决方案。

在波士顿Bio-IT World 2015的前夕,华大刚刚发布的服务于北美的BGI Online的部分抄袭和侵权问题引起了不少人的关注,Seven Bridges Genomics在核实后对该问题做出了回应,它首先感谢类似华大的企业对其产品的认可和赞美,然而介于华大的身份和影响,尤其是这次有些文件内容甚至几乎是全盘拷贝的,已经超出了SGB的底线,其希望通过及时沟通,华大和L3可以及时采取必要措施,下线抄袭的部分,从而避免进一步交涉的必要,在今后避免类似问题的发生。

此外,SGB还在其微信公众号中列出了部分已经发现的网站上的抄袭内容,并表示不排除测试后会有新的侵权情况的出现。

网站的安全白皮书,几乎完全照抄了SBG安全白皮书的内容。

下面是SBG的安全白皮书:



L3的白皮书:几乎是一模一样的



2. SDK虽然是开源的,而且虽然抄袭的是我们快要下线的SDK版本,但是教程部分的许多地方几乎全盘复制了我们的SDK和文档, 并没有指明出处,我们会进一步调查代码。这里随便给出一个截屏:


SBG的原始版本

L3的版本:只是把SBG换成了L3



3. 目前BGI Online上除了ELSA,可以看到的公共流程的名字也是完全照搬。


4. 而且不久之前,在L3更新网站前,也直接使用了SBG的标语

这幅图是SBG的旧版标语


L3之前的主页版本


SBG官网现在已经更新为 “We build self-improving systems to analyze millions of genomes",以避免后人抄袭。


编辑备注:


1.本文内容摘自华大基因微信公众号和七桥基因公众号,不代表生物探索观点。


2.在基因组分析学技术日新月异、快速更新迭代的情况下,只有跑得最快、用户体验最好的产品才可能赢得用户的亲睐。

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